Hlavní výzkumné činnosti
- Zpracování dat z NGS a TGS sekvenování.
- Vývoj algoritmů pro odvození a analýzu biologických regulačních sítí.
- Výpočetní nástroje pro rutinní klinickou mikrobiologii a epidemiologii.
- Genotypizace nových bakteriálních kmenů a jejich funkční systémový popis.
- Analýza mikrobiálních společenstev z nejrůznějších prostředí.
- Vícecílový design léčiv s využitím chemoinformatických přístupů.
- Návrh a vývoj zákaznických nástrojů pro kvalitativní a kvantitativní analýzu laboratorních dat.
Hlavní výsledky výzkumu - praktické
- Augusta: výpočetní nástroj pro odvození genových regulačních sítí, sestavování Booleovských modelů a vyhledávání transkripčních motivů. (https://readthedocs.org/projects/augusta/)
- Veřejně dostupná databáze genomů 46 kmenů ESBL Klebsiella pneumoniae z nemocniční populace FN Brno s velmi nízkou diverzitou (www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA515630)
- Veřejně dostupná databáze genomů stovek multirezistentních kmenů Enterococcus faecium a Escherichia coli z nemocniční populace FN Brno (www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA675431)
- Kompletní a veřejně dostupné anotované genomy desítek bakterií.
- CNproScan a ProcaryaSV: Nástroj a výpočetní pipeline pro detekci strukturních variant jako jsou tandemové a rozptýlené repetice, multiplikace a delece napříč bakteriálním genomem (https://github.com/robinjugas/CNproScan, https://github.com/robinjugas/ProcaryaSV)
Hlavní výsledky výzkumu - publikace
- Augusta: From RNA-Seq to Gene Regulatory Networks and Boolean Models
- In silico investigation of cholesterol-lowering drugs to find potential inhibitors of dehydrosqualene synthase in Staphylococcus aureus
- Genomic and Phenotypic Comparison of Polyhydroxyalkanoates Producing Strains of genus Caldimonas/Schlegelella
- Detecting horizontal gene transfer among microbiota: an innovative pipeline for identifying co-shared genes within the mobilome through advanced comparative analysis
- Biosynthesis of versatile PHA copolymers by thermophilic members of the genus Aneurinibacillus
- Identification of highly variable sequence fragments in unmapped reads for rapid bacterial genotyping
- Using deep learning for gene detection and classification in raw nanopore signals
- CNproScan: Hybrid CNV detection for bacterial genomes
Projekty/Průmyslové zakázky
Využití potenciálu celogenomové sekvenace pro rutinní klinickou mikrobiologii a epidemiologii
Rok zahájení
2024
Hlavní řešitel
Určování infekčních hrozeb v reálném čase ze surových nanoporových signálů pomocí technik strojového učení
Rok zahájení
2023
Hlavní řešitel
Horizontální přenos genů v kuřecím střevním mikrobiomu: detekce a predikce antibiotického rezistomu a mobilomu
Rok zahájení
2022
Hlavní řešitel
Unraveling the role of polyhydroxyalkanoates in Schlegelella thermodepolymerans – promising environmental bacterium for next generation biotechnology
Rok zahájení
2022
Hlavní řešitel
Methylation detection in Aneurinibacillus bacteria genome using nanopore sequencing
Rok zahájení
2024
Hlavní řešitel
Softwarový nástroj pro analýzu amplifikačních křivek qPCR
Rok zahájení
2022
Hlavní řešitel
