Využití potenciálu celogenomové sekvenace pro rutinní klinickou mikrobiologii a epidemiologii

Typizace bakterií hraje klíčovou roli v surveillance, epidemiologii a kontrole infekcí v lidském, veterinárním a environmentálním sektoru, což z ní činí nedílnou součást Evropského plánu Jednoho zdraví proti antimikrobiální rezistenci. V průběhu let byla vyvinuta řada různých typizačních metod. Tyto metody ovšem často nemají rozlišovací schopnost, kterou nabízejí moderní molekulární techniky, jako je celogenomové sekvenování (WGS). WGS umožňuje charakterizaci bakteriálních kmenů až na úrovni rozdílů v jednotlivých nukleotidech, díky čemuž poskytuje klíčové informace pro epidemiologické studie, šetření výskytu nákaz a personalizaci strategií léčby. Analýzou kompletních sekvencí genomu lze odhalit důležité vlastnosti, jako jsou virulenční faktory, geny rezistence vůči antimikrobiálním látkám a fylogenetické vztahy, což přispívá k hlubšímu porozumění bakteriální patogeneze a také dynamice přenosu. Ačkoli dostupnost WGS roste, stále přetrvává významný problém: nedostatek uživatelsky přívětivých bioinformatických nástrojů. Tento projekt si klade za cíl tento problém řešit vývojem uživatelsky přívětivé softwarové platformy, která integruje nezbytné bioinformatické nástroje pro identifikaci kmenů, profilování virulence a analýzu rezistence vůči antimikrobiálním látkám. Kromě toho je cílem vývoj epidemiologické databáze, která bude sloužit jako repozitář výsledků analýz a epidemiologických metadat, poskytující cenný zdroj informací pro výzkumníky, lékaře a epidemiology. Bioinformatické nástroje vyvinuté v rámci tohoto projektu umožní výzkumníkům, lékařům a epidemiologům plně využít potenciál WGS. Tento projekt připraví půdu pro širší přijetí WGS v rutinních laboratorních postupech, což přispěje k lepšímu porozumění, detekci a managementu infekčních chorob v lidském i veterinárním zdravotnictví.