Vedoucí
Hlavní výzkumné činnosti
- Zpracování dat z nanopórového sekvenování
- Genotypizace nových bakteriálních kmenů
- Hybridní sestavování a anotace bakteriálních genomů
- Vyhledání CNV (Copy Number Variation) a MGE (Mobile Genetic Element) v bakteriálních genomech
Hlavní výsledky výzkumu - praktické
- Veřejně dostupná databáze genomů 46 kmenů ESBL Klebsiella pneumoniae z nemocniční populace FN Brno s velmi nízkou diverzitou: www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA515630
- Veřejně dostupná databáze genomů 23 multirezistentních kmenů Enterococcus faecium a 21 kmenů Escherichia coli z nemocniční populace FN Brno: www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA675431/
Hlavní výsledky výzkumu - publikace
- Word entropy-based approach to detect highly variable genetic markers for bacterial genotyping
- A degeneration-reducing criterion for optimal digital mapping of genetic codes
- Application of mini-MLST and whole genome sequencing in low diversity hospital extended-spectrum beta-lactamase producing Klebsiella pneumoniae population
- Advanced DNA fingerprint genotyping based on a model developed from real chip electrophoresis data
- Rapid bacterial species delineation based on parameters derived from genome numerical representations
